Данные паспорта обновляют прямо на погранконтроле. Но да, это потребует лишние 30 секунд ожидания

Бывают разные ситуации. Паспорт можно потерять, отдать на визу, забыть дома и тп. Когда выезжал по второму/новому паспорту, никаких вопросов со стороны погранконтроля Кипра не было

Специально не "меняю" паспорт. Но и не вижу проблемы в использовании разных паспортов. При одной карточке внж использовал для выезда с Кипра 3 разных загранпаспорта (была замена одного из них)

Кстати, а выписка выездов разве не к номеру ARC привязана?