Как я понимаю, они не правы поскольку, территория посольства РФ на территории республики Кипр всё равно является территорией РФ. Но убедить в чём-либо их как всегда сложно, возможно кто-то им объяснил :)

Ну, я не юрист, но почему-то у меня в голове чётко сидела мысль, что территория посольства - это всегда территория страны, от которой это посольство

Ну, тогда в миграции были правы :)