Но есть второй паспорт заканчивается, скажем через полгода, то внж дадут лишь на этот срок а потом переподавать?

1) стаж продолжится. там вообще окно для суммирования в 10 лет. но надо будет непосредственно перед подачей проработать 2 года в BCS. в закрепе есть разъяснения
2) может. в закрепе есть ссылка "Как законно работать онлайн живя на Кипре", наличие bcs работы не влияет, можно совмещать с другими онлайн заработками извне