Это могло произойти в т ч и по причине того, что на момент рассмотрения LTRP решение о предоставлении гражданства уже было принято. Зачем человеку, которому предоставили гражданство LTRP? Такая разница в моменте рассмотрения возникает только, когда обращение за гражданством по fast track.

Не только 2 года перед подачей, но еще и в момент рассмотрения обращения.
«An adult foreigner who, on the day of application submission and on the day of examination   of application, is employed in a company that meets the following conditions and whose employment was high-skilled according to the following criteria can apply for Cypriot citizenship by naturalization if they cumulatively meet the following qualifications:»

Когда вы сможете влететь и насколько,будет определяться условиями визы, которую вам выдадут, а не моментом подачи документов.

Ну, формально examination может идти до принятия решения, так что возможно, и до интервью, и после. Когда проверяют (и проверяют ли) это обстоятельство на практике, не знаю.