Жуть страшная!!! У меня было наоборот- впустили в Германию и штамп не поставили , на контроле на выезд из Шенгена долго искали штамп в паспорте , видимо и отметку в базу предыдущий пограничник не поставил . Что-то бубнил про незаконное нахождение в шенгенской зоне. Благо аэропорт был тот же самый , да и первоначальный посадочный был под рукой . Убедил пограничника в законности нахождения . В вашем случае наверное тикает время нахождения в шенгенской зоне , по базе вы ведь не покидали .

Кипрская база и база Шенгена на взаимозаменяют друг друга . Кипрский пограничник может искать свой предыдущий штамп да и то вряд ли . Главное как идет учет в Шенгенской базе . Будут ли они потом разбираться почему один тот же паспорт (гражданин) , по их базе , будет два раза подряд на вход , без промежуточного въезда .