По месту жительства подается. Вам надо было настоять на разговоре с начальником. Идите и если снова будут отказывать, требуете разговора или присутствия супервайзера. Сотрудники на местах иногда лихо косячат

Будет, потому что при продлении миграция проверит реестр ubo. При наличии в реестре отказ в продлении. Обсуждений много было выше

Когда они пойдут подаваться на паспорт, то проверят все. Недосмотр, везение, проскочил, недостаток контроля и тд - но по факту есть нарушение миграционного законодательства