Если вы не живёте в Израиле, мне кажется, вариант "прилететь в Ларнаку и пройти КПП в Никосии с израильским паспортом" не несёт в себе практически никаких рисков

Если вы живёте в Израиле, рисков немного больше, т.к. бетахон, говорят, периодически придирчиво спрашивает про посещение Турции, но с учётом того, что а) это не Турция и б) у вас в израильском паспорте не будет никаких отметок, на мой взгляд, этих рисков тоже не очень много.

Через КПП в Никосии ездят много людей с израильскими паспортами, я не слышал о каких-то инцидентах.

PS Прочитайте рекомендации Службы Тыла, безусловно