Зав. КО, скорее, компетентен, но вопросы такого рода - не его уровень. А "девочки" - увы, чаще да.
Работник авиакомпании или хендлингового агента на стойке регистрации - примерно тот же уровень. И им проще "позвать старшего", чем брать на себя ответственность.
У многих авиакомпаний есть штатные подразделения по контролю перевозочных документов, с которыми, по идее, должны связываться "с регистрации" в подобных ситуациях, но то ли система не работает чётко, то ли некомпетентность.

"Слово к делу не пришьёшь", а если авиакомпании прилетит нехилый штраф от погранцов "там, куда не пустили", то конкретный сотрудник - вот он. Поэтому и идут по [неверному] принципу "лучше перебдеть".

Всё же, авиакомпания должна контролировать, что и как GHA воротит.