Нет, не ошибается. Скидка положена и применяется, если набирается 55к за первые 12 месяцев работы. Была в аналогичной ситуации в 23 году. Скидку применили сразу. Декларация за 23 год проверена налоговой.

Не обязательно быть налоговым резидентом для применения скидки. Пункт 4 в самом конце выше выложенного документа налоговой как раз про это