Скорее всего by-default никто ничего вообще не засчитывает. Потом берется соответствующий СОИДН, в котором прописано конкретно, что стороны засчитывают. Спецрежимы в такие договора обычно не записывают, а записывают штатные соответствия income tax == НДФЛ.