Я ничего такого не указывал в форме (по-моему, там и негде), но когда я приехал на приём, они меня сами спросили, где я хочу получать паспорт, и в опциях был даже Пафос. Думаю, что если вы живете в Никосии, то надо просто записаться на получение паспорта. Если вы живете в Пафосе или Лимассоле, то надо отслеживать статус готовности, и когда паспорт готов, позвонить или (лучше) сходить ногами в консульство и попросить, чтобы его вам выдали там. Они записывают ваши контакты, просят консула привезти и звонят предупреждают, когда консул приезжает (обычно раз в месяц в каждом городе, по пятницам). Этот процесс требует немного ручного управления, но он работает и в консульстве все вполне доброжелательны (например, когда консул приезжал в Пафос, меня не было на Кипре, я попросил организовать в Лимассол и всё получилось).