Несколько раз так летали, только рейс был Ларнака - Вильнюс. Также заезжали из РБ в Литву с таким же перечнем документов.
Есть закон, разрешающий посещение Литвы гражданам РФ при наличии внж ЕС и внж шенгена. В вашем случае с кипрским внж ещё нужен шенген. Последний раз так ездили в августе 2024г. Если пограничники в Литве начнут говорить, что нельзя -смело показывайте закон. Один раз нас не хотели пускать - показали им закон из Литовского сейма - сразу же пропустили
https://www.e-tar.lt/portal/lt/legalAct/9da27fa0e03e11ed9978886e85107ab2