Подскажите, пустят ли на рейс Раянэйр Пафос-Каунас с паспортом РФ, визой шенген и пинкслипом. И пустят ли в Каунасе.

Наоборот, он должен пускать). Закон позволяет.

Это наверняка единичный случай, ошибка конкретного сотрудника Ryanair. Эту женщину и без ВНЖ Испании должны были пустить. Запрета на въезд в Литву из Шенгена нет.