Наличие повторного никак не повлияет, у меня повторное свидетельство о рождении у сына, никого это не беспокоит. А апостили лучше иметь, никогда не знаешь, когда пригодятся. Например, для подачи на Шенген.

Формально укажите любую другую страну, в которую нужен апостиль, и всё. Мало ли где он потом вам понадобится.