Иностранная компания ведет бухучет/налучет в стране регистрации, по тем законам. Если вы директор или UBO, то отвечаете только за ту часть доходов; что получаете сами на Кипре. Т.е. отчитываетесь перед местной налоговой. Консолидированный аккаунтинг такого рода ведут через один управленческий офис обычно. В любом случае придется «разбираться» с налогами в двух странах. Не бывает иначе..

Если есть лишние деньги и бизнес того стоит, то четверка обычно кроссбордреные услуги за hefty price делает. Проблема в том, что в той же Черногории для выполнения формальностей вам нужны местные. Тоже самое на Кипре. Найти внешнего налогового бухгалтера совмещающего одновременно две юрисдикции - нереально. Можете нанять своего внутреннего бухгалтера - пусть разбирается, летает, подает декларации.