Выставлять счёт без НДС, но обязательно регистрировать VAT ID кипрской компании. За позднюю регистрацию штраф, выставят в налоговой, когда придет номер регистрировать.

Если возникают intrastate transactions, CY VAT ID должен сразу существовать, поблажка отложенной регистрации до 15600 EUR действует только на оказание услуг внутри Кипра.