Вполне возможно что вам на погран контроле поставили эти самые 90 дней внутри системы, такое иногда случается. Лучше попробовать в мигрейшн прийти со всеми нужными документами и вытрясти из них какое-то более конкретное "продление", имхо.

Ну без хоть какого-то письменного подтверждения в мигрейшене очень много всего разного могут говорить, тут я человека понимаю.