А где Вы их "засчитывать" собираетесь? В каком документе? При подаче Вы составляете форму, в которой указываете даты въезда на Кипр и даы выезда с Кипра, а также количество дней пребывания. Вы там планируете указать "+ 90 дней, которые засчитываются"? без дат въезда/выезда? Как на практике Вы собираетесь это правило применить?

Я Вас понимаю. Вы - не единственная, кто задается этим вопросом.
Право подачи у Вас есть в любой момент. В подаче не откажут. Только какой в ней смысл, если могут отказать в натурализации на основании недостаточного пребывания.
Ведь рассматривают документы и принимают решения совсем не те люди, которым Вы подаете документы.

Я консультировалась по этому вопросу с 4 адвокатами. 3 мне сказали, что для А2 нужно не менее 365*4 в период, предшествующий 12 мес до подачи, и плюсом 276 - 365 дней непосредственно перед подачей. А один вообще непримиримо настаивал на 365*5 = 1825 дней и отсутствие выездов в течение 12 мес перед подачей.

К сожалению, многие адвокаты не владеют нюансами. А рассматривать будут не они. Поэтому большинство адвокатов перестраховываются и рекомендуют 1825 дней.