если вы с кипра - то как вы влетите в португалию? таких рейсов не существует, у вас штамп в 99% будет какой то другой шенген страны - италия, франция и т.п.
но вообще случай тяжелый, я так понимаю на маршруте у вас дней больше в испании будет чем в португалии, потому что от порто до границы - всего ничего.
в таком случае у вас больше дней будет испанских и по правилам нужно подаваться в испанию.

но и влетать тогда лучше через испанию, если вы в будущем планируете снова получать шенген у них. они всегда смотрят на то какой въездной штамп стоит возле предыдущих шенгенских виз, и когда они не совпадают со страной выдавшей визу - это плохо.

в португалию подаваться, не влетая туда, и показывая маршрут, где половина дней будет в другой стране - ну такое себе.

это будет актуально только при следующей подаче на шенген. формально с вашей стороны нарушения не будет, если вы такой маршрут на визу и показывали.

на практике - риски кажется есть. есть люди которым отказывали потом, хотя раньше все было окей, в целом со временем требования все жестче становятся.
реальную причину отказа никто не знает ее никогда не скажут.

общее правило - быть обычным среднестатистическим туристом.
тогда всем всё хорошо дают.
если начинать делать сложные схемы - вы непонятный человек для инспектора, проще вам отказать. поэтому я визовую историю живя на кипре строил бы точно не с португалией и испанией, как раз изза перелетов и то что потом надо будет у них проводить большие части своих отпусков :)