Только у автора не набежит за этот год 55 тыс. скорее всего (на дворе октябрь, а у него только еще оффер), если ему скидку сразу применят, то при подаче декларации все недоплаченное вылезет как долг.
Вот со следующего календарного года уже точно можно применить.

Какое исключение? 55 тыс. поделят пропорционально количеству отработанных месяцев?
Ну т.е. как налоговая поймет, что к нему эта скидка применима?

ну в другой будет. Если же в целом за год не доберет 55 тыс, а скидка уже применена, будет возвращать недоплаченное. И об этом надо всегда помнить, подписываясь на вычет налогов "заранее".
Безопаснее потом вернуть, хотя и муторнее