Да нет, не будет проблем. Много раз бывало, что при выезде сканировали, а при возвращении - нет. Как и наоборот. Или выезжал через киприотов, а возвращался через SBA (тогда ещё пропускали с красным). Как и наоборот.
Ни на чём не сказалось. Да, вопрос на собеседовании был, но без негатива и отрицательных последствий. Видимо, объяснение устроило.

Так если из аэропорта - это ж другое. Это ж действительно покидаете Кипр.
Хотя дьявол, как всегда, в деталях. И ECN тому не последняя причина. Но у меня на вопрос "а ... через ..." настолько убедительное НЕТ и 2 железных аргумента, что ещё больше верят (и я на самом деле не вру).