В чехию нельзя только через внешнюю границу Шенгена, а в вашем случае нет проблем, просто если в словакии или чехии вас остановят погранцы для внутренней проверки виз, будьте готовы доказать, что в Австрии вы провели больше времени

Плюс у вас должны быть биометрические паспорта (которые на 10 лет)