Если в Греции проведут больше времени, чем во всех других странах ЕС Шенгена вместе взятых, то проблем быть не должно. Вроде бы действует правило длительности пребывания, а не первого въезда. Но конечно всегда есть шанс словить проблем, даже если все делать правильно, от случайности никто не застрахован.