У меня была похожая история вплоть до того, что говорили, что не приложен скан, хотя он был приложен. Где-то на 4-й или 5-й раз приняли. В итоге файлы на русском языке назвал понятным описанием (типа лицевая сторона ВНЖ, оборотная сторона ВНЖ и т.д.). Может быть, это помогло.