Ну вы ему скажите прямо “please authorize my stay under this entry permit, not the previous residence permit“

У нас была похожая ситуация, нужно было принципиально въехать по шенгену, а не по заканчивающемуся ВНЖ, пограничница внимательная была, все поняла и сделала правильно)