У вас билет на самолет на какой паспорт приобретаться будут? Такой и на регистрации предъявляете. А пограничники видят ваши посадочные с страной вылета, и в отсутствии визы в РФ паспорте будет масса вопросов, в т.ч и по несовпадению паспорта в билетах и предъявляемого.