На суммы свыше 100 евро, насколько я знаю, этот процесс происходит онлайн через налоговую.
Потом, квитанцию об оплате распечатываете и относите в налоговую вместе с договором, и через 2-3 дня забираете у них.

Возможно, Кипр или РФ прекратил действие этого пункта из соглашения межу СССР - Кипром ? Хотя, вроде новостей не было на этот счет.

Да, я тоже не видел таких новостей, но люди ведь выше написали, что уже столкнулись с проблемой, что органы теперь требуют апостиль?