конечно можно (с учётом того, что на гражданство сейчас документы не берут)

я бы сказал, что всё ровно наоборот
если есть подача на LTRP - значит человек на Кипре давно, платит налоги и знает греческий - однозначно плюс к натурализации и соблюдает визовый режим

при рассмотрении заявления по натурализации наличие LTRP - это огромный плюс

сама подача на LTRP - это тоже плюс, но не такой огромный, как уже полученный LTRP :-)