По-хорошему, если не физик, а именно компания покупает товар за границей, то для продавца эта поставка на экспорт, значит тот иностранный НДС не должен начисляться на такую продажу. Кипрская компания ввозит товар из-за границы (например, по цене 100) и платит кипрский НДС при ввозе (19% = 19). Затем продаёт товар на местном рынке (скажем, за 120), добавляет кипрский НДС (19% = 22,8) к цене товара, получает оплату. Должна уплатить в бюджет разницу между полученным от покупателя и уплаченным при ввозе НДС (22,8-19=3,8). Какие-то другие расходы кипрской компании, которые касаются этой сделки, я в этих расчётах не учитываю.