Если у нее есть шенген/ кипрская еще действующая с неизрасходованными днями, то почему ж нет

С чего бы это? )) не засчитают

Если вы "нелегальными"называете дни, прожитые по ресипту, это другое, не нелегальное

У вас на рабочей визе указан работодатель. Виза не "рабочая", а зависимая от работодателя. Другая компания на Кипре взять его внештатным не имеет права. Если он "фрилансит" на кипрскую компанию, это незаконная работа

Если у них общий счет, то да

Были кейсы подач с разными счетами у супругов и поступлением на счет основного заявителя от супруга- депенданта. Но во всех случаях эти поступления небольшая часть от дохода основного заявителя

Нет прямого запрета, есть схема "основной заявитель + депендант". Доходы по определению у заявителя )