может конечно, снова подав полный комплект документов с новым контрактом

всё останется как есть до окончания срока гарантии или до момента, пока мигрейшен не пришлёт в банк письмо о том, что гарантия отменена (что раньше)

No, according to the legislation fingerprints will be deleted from the database within 48 hours after the document has been issued. Fingerprints continue to be stored only on the document which is the possession of its holder.
https://www.moi.gov.cy/moi/CRMD/crmd.nsf/All/B71B29E05337EED0C22588FA004612F1?OpenDocument