Если вы получили зарплату работая не на Кипре, то исключение 90 дней применяется. Но нужна именно зарплата, работа не на Кипрскую компанию и нужно физически работать не на Кипре

Только к зарплате за ту работу, которая выполнена не на Кипре. Там чуть в том, что если кто-то более 90 дней работал не на Кипре на иностранную компанию, то это не включается в налогооблогаемую базу на Кипре

Например, в начале года работали в другой стране, а потом, скажем, в мае переехали на Кипр. Зарплата с января по май в другой стране не облагается налогом на Кипре