Надо один раз "попробовать" выехать по новому паспорту. Тогда попросят показать старый, после их объединят в системе и можно будет пользоваться любым, главное чтобы въезд и выезд были по одному и тому же.

См.выше

А мигрейшн тут не причём - он был уведомлен о новом паспорте при продлении ВНЖ семьи. Но это не помогло