Сообщение может еще быть и не из-за просрочки, а из-за суммы контракта (больше 5000 в год, если не ошибаюсь).

Хозяин может быть против в двух случаях:
1) просто не хочет чтоб в налоговой знали
2) не имеет права сдавать жилье вообще

Если вам для миграционки договор надо - отметка из налоговой в случае большой суммы все же нужна