В случае, если арендатором выступает компания (юр лицо), то компания обязана выступать именно как налоговый агент - удержать эти налоги из суммы арендной платы и перечислить в налоговую. Итоговая сумма расходов на аренду не меняется, просто арендодатель получает нетто сумму (то есть за вычетом налогов).