Есть смысл его более ясно переформулировать, да.

Если вы как физлицо что-то платите в стране зарубежной компании (что странно), то на Кипре вы доплачиваете остаток до прогрессивного налога. И Геси.
А скорее всего вам просто нужно платить все налоги на Кипре.

Ну если я правильно понимаю, вы все равно в таком случае на Кипре платите подоходный + геси как физлицо.

90 дней так просто не работают, поищите по чату поиском "90 дней моряки".
А платить нужно всего, если я правильно понимаю.

Тогда вы можете вычесть до 90 дней отсутствия по рабочим вопросам из налогооблагаемой базы Кипра.