Была похожая ситуация и из-за "опоздания" поехали в налоговую, в Лимасоле над главпочтой, там офицер печатью налоговой погасила марки и на первой странице договора тоже поставила оттиск. В общем быстро, при мне кому-то там же на месте рассчитали марки пошлины и пени. На сайте налоговой есть Эксель файл для точного расчета; по слухам этот расчёт иногда смотрят в мигрейшне, у меня на него взглянула офицер налоговой и кивнула ставив штампы.