Если бонус гарантирован контрактом и доводит сумму до 55к, то вычет можно применять в течении года. Если нет, то вычет не будет применяться сразу, и его можно получить только через 3-5 лет после подачи годовой декларации.
Чтобы получать его сразу - контракт должен гарантировать облагаемый социалкой доход в 55к, неважно в какой форме. Если есть право на вычеты, то его можно реализовать и после, через декларацию, и ждать возврата.