До окончания визы у вас 5 месяцев, так? Если партнерша вылетит, то дни пребывания на Кипре прекращают идти, т.е. в течение 5 мес.можно прилететь ещё на 2 мес.
Паспорт, тем более с действующей визой, не забирают, просто аннулируют (вырезают страницы). Ряд регионов вроде как дают уже биометрический, надо проверять относится ли к вашему.
Судя по тому, что вы написали, вы приехали не очень информированными. Поищите заодно инфо про "гражданскую" жену здесь, изучите, на каком основании ваша супруга будет внж тут оформлять, вам могут понадобиться справки из РФ.
Знакомая в прошлом месяце загран сделала в РФ за 2 с небольшим недели и вернулась.
Всё решаемо, самое печальное в этом - стоимость билетов.