Я так делала, но много лет назад.

Вы платите налоги в той стране, налоговым резидентом которой вы являетесь. Т.е. там где вы находились более 180 дней, там вы и платите.

Я так понимаю, работодатель на Кипре по вашему труд договору забирает на Кипре налоги. Так как вы налог резидент Португалии, где эта деятельность не подлежит налогам, подавая декларацию в Португалии укажите, что заплатили с этих доходов на Кипре. Если есть СИДН между Кипром и Португалией, то возможно как-то этот налог и вернуть. Но нужно читать о чем страны договорились, если вообще были такие соглашения.

Налогам всем рады! Но смотрите СИДН, может быть можно и на Кипре не платить. Это уже вопрос не для чата на скорую руку.