> Ведь пластик оформлен с местом рождения Пермская область ( «Пермска волость»)))

У меня в пластике просто USSR. Я бы забил, сомневаюсь что на эту строчку кто-то занимается буквоедством.

> И сказали, что действующий еще три года второй паспорт будет недействителен

Это они прям в базу внесли факт недействительности или сами придумали такое?

ну странно конечно, такое бывает только если вы делаете новый загран паспорт старого образца 5летний взамен старого заграна старого образца (их две штуки быть не может)
если вы оформляете биометрический (нового образца), то при получении второго первый может остаться действительным