Добрый день, скажите, можно ли работать как фрилансер по договору с компанией зарегистрированной на кипре с визитерским внж?

не дает

но С любым видом ВНЖ/ПМЖ на текущий момент можно работать и оказывать услуги людям и компаниям вне Кипра.
Можно вполне законно получать доход от такой деятельности себе на счёт на Кипре или в другой стране или в онлайн банке.

Главное - платить подоходный налог + GESY и сдавать декларацию.
Никакой дополнительный статус типа ИП, ФОП, Self-employed для этого оформлять не надо и не возможно.