У меня была такая же ситуация.

Я вылетела по истечении 90 дней турвизы, вернулась через 2 недели по скану entry permit.

Да, это рабочая тема.

Нет
В течение недели нужно сдать биометрию, как влетите

Там указаны сроки, в которые вы должны влететь – срок действия этого документа ( 3 месяца, кажется) и сроки, в которые нужно сдать биометрию (5 или 7 дней с момента прилета на Кипр)