А какая причина отказа стоит?

Вы с любым типом визы можете работать на лица вне Кипра и получать оттуда доход платя налоги.

Это все равно не выглядит как договор, заключенный сразу на несколько лет, это только возможность продления, причем не указано что она должна быть на тех же условиях. Мне кажется очень маловероятным, что изменение стоимости получится отвоевать.

Только если срок действия визы истечет.

Есть смысл пытаться договариваться на удобные вам условия или обговаривать размер депозита.
Но глобально такие условия часто встречаются.

Нет такой практики

Посмотрите закреп, первые ссылки "по каким визам можно на кипр"

У вас договор в любом случае на год, а продлять или не продлять его (и на каких условиях) решают обе стороны, заставить продлить договор вы лендлорда не можете.

Хорваты ооочень со скрипом визы выдают и очень придирчивы к документам, если что. Если есть возможность - делайте лучше болгарскую, если вам для Кипра. Ну или не на прямую а через vfs

На выдачу загран паспорта?

Пишите в одном сообщении, пожалуйста.
Для удобства можно редактировать.

Если вы сами так договоритесь с лендлордом.

В закрепе раздел "общие требования к переводу документов" посмотрите.

На самом деле такой бот был, но все равно его игнорировали)

Если я правильно понимаю - вашей жене сейчас доступен только Spouse Visitor (без возможности работать на кипре) и она сможет позже его понять на споуз эмплоймент (процесс замены написан в закрепе)

Первое есть в закрепе "как законно работать онлайн..", посмотрите.
А по срокам попробуйте поискать информацию по чату забивая в поиск названия внж.