Нет, наоборот весь налог за год он должен заплатить на Кипре.
Нет, он не работник кипрской компании.
Нет, коллега из РФ? 6% это ИП на упрощёнке? Это не налог, с точки зрения Кипра он налогов в РФ не платил.