Если компания может зарегистрироваться как "of Foreign Interests" - то разницы никакой. Если не может - да, тяжелее намного.

Но видимо, даже 100% киприотская может податься на статус, согласно этому доку, если она IT/биотех:
https://www.businessincyprus.gov.cy/doing-business-in-cyprus/running-and-growing-your-business/