ГЕСИ платится всеми налоговыми резидентами по всем доходам за год независимо пользуетесь ли вы системой или нет. Если вы "не знали", что будете налоговым резидентом в первом полугодии, значит платите до 31 декабря. Хотя могут и придраться и насчитать небольшую пеню за первое полугодие