Мне кажется, что если новый аэропорт, то технически можно его не проходить. Там все прилёты идут на первый этаж здоровенного терминала, и оттуда есть два выхода рядом — либо паспортный контроль и в город, либо досмотр и на второй этаж в зону вылета для трансфера. Можно пойти в любой.
Другое дело, что если у вас до Стамбула один билет, а из Стамбула — другой, то авиакомпания (в том числе Aegean) будет предполагать, что вам в Стамбул: проверит, что у вас есть туда все нужные документы для въезда (иначе не посадит), если рейсы отменятся — пересадит вас куда-то именно до Стамбула, не будет волноваться, если вы опоздаете а свой следующий рейс.