Да, агент обычно забирает один депозит. НО это платит арендодатель! На вас вешают свои риски, вам это нужно?

Просите договор и прописывайте все там. Есть вероятность, что сделка не состоится, останетесь без депозита. В крайнем случае, доп соглашение с агентом, где прописать условие уплаты и возвращения депозита.