Коллеги прилетали в апреле прошлого года с entry permit из Беларуси без шенгена. Первый раз не посадили в самолете, второй раз они объяснили, что для въезда достаточно Entry permit и их посадили на рейс.

Тогда еще Белавиа летала

Лучше всего, обратитесь за разъяснениями в консульство Кипра в Минске - http://consul-kipr.by. Отвечают на email в течении суток. У них, чуть что, можно будет открыть визу.